申请人选择整个组合商标申请注册的弊端：
1，风险+
相对于纯文字或纯图形商标注册申请，组合商标则有两个及以上的元素组成。在商标注册审核过程中，所有元素都会进入实质审查，即审查商标元素是否具备显著性、无近似情况等，只要其中一个元素出现否决情况，整个组合商标都将被驳回；
2，保护力度-
组合商标在遭遇侵权事件时，如果组合商标是整个申请注册，加上侵权方如果只采用了商标中的某一元素进行仿造，那维权的概率可能有所降低。因为商标近似的审查是纵观整个架构，如果侵权方只“抄袭”了某一小部分，极有可能不造成商标近似；

3，使用不方便
组合商标在实际的运用中，如宣传推广、各类商超、产品标签等，严格要求必须使用整个组合商标，否则容易遭到竞争对手商标异议、无效的起诉，商标可能一度陷入撤销的风险。而组合商标在分开注册后，商标权人可灵活运用其中的某一元素，或拆分，或调换位置。针对商标在使用中应注意的事宜，建议咨询专利商标代理机构如7号网，以减轻商标使用的风险。
组合商标分开申请注册的优势：
1，风险-
如上文所述，组合商标分开申请注册，各个元素分开审查，相互不牵制，假如某一元素被驳回，其他元素仍可作为商标使用，以抢占匮乏的商标资源；
2，1+1＞2
组合商标分开注册，各个元素可单独注明，并独立使用。各个元素经商标权人运营推广后，可独自形成品牌效应、美誉度、声誉度，以形成商标权人无形的资产。当各个元素商标的价值汇聚在一起时，组合商标的实际价值自然翻上一番；

3，保护力度+
如上文所述，组合商标单独申请注册，所有元素则是独立而显著，可加大维权的力度，维护商标权人的合法权益。

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