1、企业很少申报项目。对过程和项目申报书不熟悉，没有思路和整体规划。
2、对政策的解读不够深入。而购买的专利是符合条件了，但是没有跟产品连接在一起，财务报表上也无法体现出来，结果是表面上符合了政策的条件，事实上是很明显的充数，专家一看就知道该企业不合适
3、耗费大量精力和人力。申报材料由企业自行撰写，涉及的内容非常多。企业还需要自行递交材料、备案、办理流程。大部分企业都没有专门的部门去负责高新技术企业认定，导致申报的准备过程中可能耗费大量的精力和人力，也不一定能取得理想的效率和效果；
4、高新项目资料不只是一个一个条件拼凑这么简单的，四个板块是息息相关的，知识产权和审计有关，和财务有关，后面的RD、PS表都需要根据知识产权去编写。稍微不留意就很容易前后矛盾，一个小小错误就可以让专家的评分很低,导致无法通过
5、成功率低。对于材料的质量要求逐年提高，辛苦完成的材料因各种问题被地方科技局打回票的也时有发生，有的问题有可能是不可逆的，从而企业错失了一年的申报时机，也浪费审计费和知识产权费用。

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