专精特新中小企业在计算上交税金时，应扣除代缴个人所得税、滞纳金等项目的原因，主要基于税法规定、税收公平性原则以及特定的政策目标。以下是对这些扣除项目的详细解释：

01个人所得税

 代扣代缴个人所得税是指企业作为扣缴义务人，在支付纳税人（员工）收入时，从所支付的款项中依法直接扣收税款并代为缴纳至税务机关。这是税法规定的义务，旨在确保个人所得税的及时、足额缴纳。

在计算企业应缴纳的税金时，已代缴的个人所得税应从总税金中扣除，因为这部分税款并非企业自身的税负，而是代员工缴纳的。

02滞纳金

滞纳金是纳税人或扣缴义务人未按照规定期限缴纳税款而产生的罚款。它是对逾期纳税行为的一种惩罚性措施。

在计算上交税金时，滞纳金不应被视为税金的一部分进行扣除。如果企业在计算应缴纳税款时，已经考虑了可能产生的滞纳金（例如，因预计的纳税时间延迟而预留的资金），那么在实际缴纳时，这部分预留的资金可以用于支付滞纳金，从而在财务上表现为一种“扣除”。但严格来说，滞纳金并非税金的一种，而是一种罚款。

03其他收入、其他专项收入

这些收入通常指企业除主营业务收入外的其他收入来源，如投资收益、营业外收入等。

在计算企业应交税金时，这些收入应纳入应纳税所得额进行计算。但题目中提到的“扣除”可能指的是在计算净利润或应税所得额时的调整，而非直接从税金中扣除。例如，某些特定的其他收入可能享受税收优惠或免税政策，从而在计算应税所得额时予以扣除。

04残障人就业保障金

残疾人就业保障金是企业为安置残疾人就业而支付的费用，旨在鼓励企业雇佣残疾人，提高他们的就业率。

根据税法规定，企业在计算企业所得税时，可以扣除已支付的残疾人就业保障金。这是一种税收优惠政策，旨在减轻企业的税收负担，促进残疾人就业。

05水土保持补偿费收入

水土保持补偿费是针对在特定区域内从事生产建设活动造成水土保持功能破坏的单位和个人所收取的费用。

这笔费用专项用于水土流失预防和治理，并非企业的税金或应税收入。在计算上交税金时，水土保持补偿费收入不应纳入税金计算范围，也不存在“扣除”的问题。但企业在缴纳水土保持补偿费时，可以从其财务资金中支出，这在一定程度上可以视为一种“财务扣除”。

06建设行政事业性收费收入

建设行政事业性收费通常指政府在建设领域向企业或个人收取的行政事业性费用，如城市基础设施配套费、规划费等。

这些费用并非税金，而是政府提供特定服务或管理职能所收取的费用。在计算上交税金时，建设行政事业性收费收入不应纳入税金计算范围。

计算上交税金时应扣除的项目主要基于税法规定、税收公平性原则以及特定的政策目标。其中，代缴个人所得税是税法规定的义务；滞纳金并非税金的一种，但在实际缴纳时可能涉及预留资金的“扣除”；其他收入、其他专项收入可能因税收优惠政策而在计算应税所得额时予以扣除；残疾人就业保障金是税收优惠政策的体现；水土保持补偿费和建设行政事业性收费则不属于税金范畴，但在企业财务处理上可能涉及“扣除”的概念。

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